Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) dan Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan Universitas Gadjah Mada (FK-KMK UGM) secara konsisten mendominasi puncak daftar institusi pendidikan kedokteran terbaik di Indonesia, dengan FKUI seringkali menempati posisi teratas dalam pemeringkatan global terbaru. Data Times Higher Education (THE) World University Rankings (WUR) by Subject 2025: Clinical and Health menempatkan Universitas Indonesia pada peringkat 501-600 dunia, menjadi yang tertinggi di antara perguruan tinggi Indonesia. Universitas Gadjah Mada, bersama Universitas Airlangga, berada dalam kelompok peringkat 601-800 dunia pada kategori yang sama. Pemeringkatan ini mempertimbangkan 18 indikator kinerja ketat, menganalisis 157 juta kutipan, 18 juta publikasi penelitian, dan respons survei dari lebih 93.000 akademisi global. Sementara itu, berdasarkan QS World University Rankings (QS WUR) 2024 untuk bidang Kedokteran, Fakultas Kedokteran Universitas Hasanuddin (FK Unhas) berhasil masuk lima besar setelah UI, Universitas Airlangga (UNAIR), UGM, dan Universitas Padjadjaran (UNPAD), dengan FK Unhas menempati peringkat global 651-700. EduRank 2025 juga menempatkan UI di posisi pertama nasional, peringkat 83 di Asia dan 421 dunia, diikuti UNAIR dan UGM.
Kedua institusi, FKUI dan FK-KMK UGM, memiliki akar sejarah yang mendalam dalam pendidikan medis Indonesia. FKUI merupakan salah satu sekolah kedokteran tertua di Indonesia, yang berawal dari Dokter Djawa School pada 2 Januari 1849, didirikan melalui Keputusan Gubernemen No. 22 untuk memenuhi kebutuhan tenaga medis di Hindia Belanda. Perjalanan ini berlanjut melalui era STOVIA, Geneeskundige Hooge School, hingga menjadi Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia setelah kemerdekaan. Demikian pula, FK-KMK UGM, yang didirikan pada 5 Maret 1946 sebagai Perguruan Tinggi Kedokteran (PTK) di Klaten sebelum pindah ke Yogyakarta pada 1 November 1949, menjadi embrio berdirinya Universitas Gadjah Mada dan juga merupakan salah satu fakultas kedokteran tertua di Indonesia. Kedua fakultas ini juga telah mengantongi akreditasi "Unggul" atau "A" dari lembaga akreditasi nasional.
Secara kuantitatif, kedua fakultas berperan vital dalam penyediaan tenaga dokter. FK-KMK UGM, misalnya, setiap tahun mencetak antara 250 hingga 270 lulusan dokter. Adapun FKUI menerima sekitar 180 mahasiswa program reguler setiap tahunnya, dengan 90 kursi dialokasikan melalui jalur undangan atau SNMPTN. Kontribusi mereka juga meluas ke ranah penelitian, dengan FKUI aktif dalam riset berskala internasional seperti yang terlihat dari penghargaan di ajang ReachSci 2023 untuk penelitian terkait glukometer. FK-KMK UGM juga memamerkan ratusan proyek penelitian dosennya melalui "Health Research Expo" dan berfokus pada riset yang memecahkan masalah bangsa, termasuk di bidang kedokteran gigi.
Namun, lanskap pendidikan kedokteran Indonesia menghadapi tantangan signifikan. Sebanyak 158 Guru Besar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) pada Mei 2025 menyatakan keprihatinan mendalam atas kebijakan kesehatan dan pendidikan kedokteran dari Kementerian Kesehatan (Kemenkes), yang dinilai berpotensi menurunkan mutu pendidikan dokter dan dokter spesialis. Dekan FKUI, Prof. Dr. dr. Ari Fahrial Syam, menyoroti bahwa penurunan kualitas ini berakar dari proses penyusunan dan implementasi Undang-Undang Kesehatan No. 17 Tahun 2023, yang dianggap mengganggu proses pendidikan kedokteran dan berdampak pada pelayanan kesehatan. Mereka mengkritik penyederhanaan pendidikan dokter dan dokter spesialis, serta penyelenggaraan pendidikan di luar sistem universitas tanpa kolaborasi yang erat, yang dikhawatirkan dapat menimbulkan ketimpangan kualitas antar dokter dan meningkatkan risiko kesalahan medis. Isu independensi kolegium kedokteran yang dinilai "diambil alih" Kemenkes juga menjadi perhatian, meskipun Kemenkes membantah dan mengklaim pembentukan kolegium kini lebih independen.
Menanggapi kebutuhan dokter yang merata, Direktur Utama Rumah Sakit Akademik UGM, Darwito, pada Januari 2025, menekankan pentingnya perencanaan matang dalam membuka fakultas kedokteran baru. Ia menyarankan untuk meningkatkan kapasitas fakultas yang sudah ada ketimbang membuka banyak fakultas baru tanpa fasilitas dan tenaga pengajar memadai. Sementara itu, Dekan FK-KMK UGM, Prof. Yodi Mahendradhata, dalam KTT Dekan Kedokteran ASEAN 2025, menggarisbawahi pentingnya kolaborasi lintas negara untuk meningkatkan mutu pendidikan kedokteran, mempercepat inovasi teknologi, serta mengembangkan riset dan pembinaan mahasiswa, termasuk dalam menghadapi tantangan kesehatan digital dan keberlanjutan. Ia juga menyatakan bahwa UGM mendukung program pemerintah dalam meningkatkan akses dan mutu pendidikan tenaga medis, termasuk penempatan residen senior ke daerah terpencil, perbatasan, dan kepulauan.
Ke depan, reputasi dan kualitas pendidikan kedokteran di Indonesia akan sangat bergantung pada bagaimana institusi-institusi terkemuka seperti UI dan UGM menavigasi dinamika kebijakan pemerintah, memastikan otonomi akademik, serta terus berinovasi dalam kurikulum dan riset. Dengan potensi ketidakseimbangan antara jumlah dokter dan distribusinya, serta tantangan dalam menjaga mutu di tengah perubahan regulasi, peran sentral fakultas kedokteran veteran ini menjadi semakin krusial dalam membentuk masa depan sistem kesehatan nasional dan daya saing global.
